朱丹承认这半年的实际进展并不多，主要精力都用在了解情况上，包括与集团、股份公司的磨合。他明白，对他来说，对中医药文化的理解，与人的磨合要花更多的时间。
“搭班子、建制度、建规范”，是新商业公司的开门三件事。新的班子中，朱丹从海王星辰带来了一个财务经理，首创派来了负责SI、市场企划的人员，而主要的业务营运主力都来自同仁堂系统，包括常务副总王平、营运总监程京以及质管部门和物价部门的经理。
看起来年纪不大的程京已在同仁堂工作了将近20年，开朗的程京称原来自己是特擅长在外面跑的“实战派”，现在则成了“坐家”了。这小半年一直闷在家里做制度、制定营运手册、SI规范健全并参与人力资源部门招聘店长的工作。
作为具体的营运人员，谈及与朱丹这位外来的总经理的合作，程京认为彼此的融合互补大于冲突。“朱总带来了更多市场化的东西，带来的是很好的零售技术，可能以前没有更多的商品分析意识，市场调研、商圈调查的意识也比较淡。其实你要不了解你的对手、你的商圈、你的市场，你就不可能清晰地定位。”仅对商业公司在业态定位前先进行大量的消费者调研分析而言，程京就认为结合得很好，“说实在的，我凭我的经验也是这个结果，但这是科学，科学的依据证明了你的存在，就象中医经络的存在一样。”
朱丹对于同仁堂中医中药文化的热爱和认可，也令程京钦佩有加，“把同仁堂的文化灌输下去，甚至细到一定要把北京的原汁原味带到全国。他知道跟同仁堂合作能给他带来什么，他应该输进来的是什么。”
在发展方式上，同仁堂在外地基本上是选择当地的投资伙伴合作开店，前提是同仁堂持股必须在50%以上。“慢就慢在先期考察，选择合作伙伴上，”程京说，“把品牌交给人家担惊受怕的，生怕品牌有些什么闪失。”以前在外埠药店的合作伙伴大都选择的是同仁堂的区域经销商，既是批发商又是零售商，有时为了尽快上量，会损失零售的利益，再加上经销商本身就是药店负责人，总部的管理难以到位，也会偷偷做些授权范围以外的事。“现在比以前考虑问题更细致了，毕竟这么多年走过来也为我们积累了很多经验教训。”程京说。
如今在外地新开的药店都是由商业公司统一管理，通过电脑联网，店里的每一笔交易总部都能看到，为其提出商品的营运指导，并有一支专家队伍给予支持，这是以前的同仁堂药店没办法做到的。配送上，委托当地配送，由总部对配送商进行商业方面的考察，跟对方签约。本地品种就在当地解决，同仁堂品种则由同仁堂直供，这样各自的利益也达到了最大化。另外，在物流方面，海王星辰在很多地区也会是其很好的合作伙伴。
“当地的物流配送只是补充，主打还是中医中药，”程京说，“因为老百姓认的就是同仁堂的牌子，就是这么给你定的位，你要错位经营，老百姓可能还不接受呢！”
中医诊所、名老中医坐堂依然会是新版同仁堂的首选。“老百姓相信，一个店里坐一个老先生，而且还是北京来的，才是真的同仁堂。”同仁堂与北京中医协会建立长期联系，聘请了一批退休的老中医，“都是高级职称，最低副主任医师才可以入围。”
由于国家政策对中医诊所按医疗机构审批，在外地申办相对困难，同仁堂在选择合作伙伴时，也把有这方面资源的作为优先之选。