目前，对转基因食品的安全性普遍存在以下几方面的怀疑：
1．产生毒素或增加食品毒素含量
由于人们对转基因的活动方式、了解还不够透彻，没有十足的把握控制基因调整后的结果，一些研究学者认为，转基因食品在达到某些人们想达到的效果的同时，也可能增加作物中原有的微量毒素的含量。这些有毒物质的增加，可能会危害人类和动物的健康，严重的会导致某些遗传类疾病。
2．营养成分减少
有些作物由于利用了转基因技术，其中的有益成分遭到了破坏。英国伦理和毒性中心的试验报告说，与一般大豆相比，在耐除草剂的转基因大豆中，具有防癌功能的异黄酮成分减少了。与普通大豆相比，两种转基因大豆中的异黄酮成分减少了12%到14%。
3．引起人体过敏反应
作物引入基因后，会因为带上新的遗传密码而产生一种新的蛋白质可能会引起人们的过敏症，因此食物会由于基因转移而可能引发某些人的过敏反应。由于转基因技术，某些人可能会对一种以前他们并不过敏的食物产生过敏反应，甚至威胁到生命。
4．人体对某些药物产生抗药性
抗药性是一个十分敏感的公众健康问题，当前，细菌抗药性的产生主要是因为滥用和误用抗生素引起的。在转基因过程中，基使用具有抵抗临床治疗用抗生素的基因，人们在食用了这种改良的食物后，食物会不会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，从而使人体产生抗药性。这种风险是否存大，其可能性到底有多大，也是人们关心的一个重要问题。
(9|20|2990)